Я каких-то сильных противоречий не вижу)

Единственное проблемное место - Обсерватория, поэтому ее истории каноном считать не стоит, если они не подтверждены сюжетом вне ее .
Их стоит сейчас считать паралельными мирами.

В остальном, сейчас канон вполне целостен и непротиворечив) мы даже ничего не ретконим, в отличие от некоторых маленьких студий, использующих малазийцев, как аутсорс)